Qual a diferença existente entre os homozigotos AA e AA e o heterozigoto AA? Por que ora se representa o gene com letra maiúscula , ora com letra minúscula? Os pais representados no esquemas são homozigotos para o caráter " cor dos olhos " e todos os filhos nascidos desse casal são heterozigotos para esse caráter. O pai possui olhos castanhos e é representado por AA; A mãe possui olhos azuis e é representada por AA; os filhos possuem olhos castanhos e são representados por Aa . Assim, para ter olhos castanhos , o individuo pode ser AA ou Aa. Existindo pelo menos um gene A , o fenômeno "cor castanha dos olhos" já se manifesta, ao passo que o fenótipo "cor azul dos olhos" só se manifesta quando existirem os dois genes alelos aa juntos. Quando existe apenas um gene a no individuo diplóide , o fenótipo cor azul não se manifesta. Dizemos , então, que o alelo A domina o alelo a. Quando no individuo diplóide um gene domina o seu alelo , ou melhor, uma vez presente no gene , o fenótipo por ele determinado sempre se manifesta , diz-se que esse gene é dominante em relação ao seu alelo. No caso de o alelo precisar estar em dupla dose para se manifestar , pois sozinho não se manifesta , ele é chamado recessivo.
•Alelo dominante : aquele que determina o mesmo fenótipo , tanto em homozigose como em heterozigose;
•Alelo recessivo: aquele que só se expressa quando está em homozigose.
A cor azul dos olhos é um fenótipo recessivo , pois só se expressa quando os genes alelos estão em homozigose e nunca quando estão em heterozigose. É convencional utilizar letra maiúscula para indicar o alelo dominante e letra minúscula para o alelo recessivo , sendo que a letra maiúscula é colocada antes da minúsculas. Por exemplo: escreve. Aa não aA . Frequentemente , a letra que se escolhe para designar os alelos é aquela que inicia a palavra que designa o fenótipo recessivo para cor dos olhos. A herança da cor dos olhos não é tão simples como o exposto acima, mas, para fins didáticos , vamos considerá-la como sendo um tipo de herança devida a um par de fatores ou genes.