O crescimento dos negócios do ultramar levou a coroa espanhola a criar em Sevilha a Casa de Contratação, instituição responsável pela organização e controle por todos os negócios e trânsito de mercadorias e de pessoas entre a América e a Espanha. Ao concentrar todos os negócios em Sevilha - que se tornaria o centro comercial do mundo atlântico - a coroa buscava o máximo de controle sobre as riquezas do Novo Mundo. Havia ainda o Conselho das Índias - sediado em Madri desde 1561 - responsável pela nomeação dos altos postos da administração colonial e que funcionava como Tribunal de Justiça. No início da conquista , o território americano foi distribuído aos conquistadores que passavam a ser denominados governadores , com poderes para dispor das terras e dos índios , e funções jurídicas, militares e administrativas , à semelhança do que a coroa portuguesa estabelecera com os donatários. Porém , as nomeações eram temporárias , e não hereditárias , como no caso lusitano. A partir de 1535 , vice-reis passam a ser nomeados pela Coroa subordinando os diversos governadores de suas respectivas províncias , os vice-reinados. Os vice-reis mantinham uma corte em seus palácios vice-reais e controlavam as minas e outras fontes de riquezas , assumiam as atribuições administrativas , militares e tornaram-se os principais representantes judiciais da coroa. Para controlar os vice-reis, a coroa nomeava ouvidores , encarregados de denunciar irregularidades e fiscalizar o cumprimento das leis. Ao lado dos vice-reinados havia também as capitanias-gerais, cujos capitães , subordinados aos vice-reis, eram encarregados de administrar e controlar determinadas regiões ainda não inteiramente submetidas ao poder metropolitano. Cada vila e cidade na América espanhola possuía um cabildo , conselho que regulava a vida dos moradores , fiscalizava as propriedades públicas e era controlado pelas famílias mais poderosas de cada comunidade urbana. A imensa maioria das principais atividades públicas era exercida pelos chapetones , funcionários vindos da Espanha. Os integrantes da elite nascida em terras americanas eram conhecidos como "criollos" e , apesar de controlarem a maior parte das atividades econômicas , assumiam uma posição secundária na máquina administrativa colonial.
