Há dois imensos desertos nesse continente: o Saara e o Kalahari.
O deserto do Saara é o maior do mundo, com a área superior à do Brasil : nove milhões de quilômetros quadrados. Localiza-se na porção norte do continente africano, ocupando terras de inúmeros países. O deserto de Kalahari fica ao sul e sua área é de 600.000 km². A origem dos desertos é explicada pela presença de montanhas no litoral, que agem como barreiras que dificultam a penetração para o interior das nuvens carregadas de umidade. No caso dos desertos africanos, há um elemento a mais: ao longo do trópico de câncer, que corta o Saara, existe uma zona de permanente alta pressão atmosférica. Esse fato dá origem à dispersão de ventos, em vez de atraí-los. Apesar de o deserto ser um fenômeno natural, sua área vem crescendo nas últimas décadas devido à ação do homem. É o caso , por exemplo, do forte desmatamento em regiões vizinhas, especialmente ao sul do Saara, com o estabelecimento de atividades agrárias inadequadas para conter essa expansão do deserto, como criações extensivas e monoculturas voltadas para exportação. Um meio de evitar a desertificação seria plantar árvores nas bordas do deserto, o que não é feito por motivos econômicos : isso não dá lucros a curto prazo. A expansão do Saara para o sul e o uso dos melhores solos para os cultivos voltados para o mercado externo vem agravando a insuficiência de alimentos na África Negra. Já ocorreram inúmeros casos de seca e fome crônica nessa porção do continente, com milhares de mortos e milhões de subnutridos.
