O Caso Bancoop é um termo usado pela mídia brasileira ao suposto uso da Bancoop para favorecer o caixa dois do Partido dos Trabalhadores (PT) durante os anos 2002 e 2004. Em 2010, o promotor de justiça solicitou a denúncia contra João Vaccari Neto e outras cinco pessoas que estavam entrelaçadas no caso Bancoop. Ainda em 2010 , a 5° Vara Criminal de São Paulo , Patrícia Início Funes e Silva, aceitou a denúncia contra os envolvido no caso de desvio de dinheiro do empreendimento. Numa edição 2155 da Veja revelou que o Ministério Público de São Paulo , por meio de uma autorização da justiça , teve acesso a mais de 8.000 páginas de registros de transações bancárias realizadas pela Bancoop nos anos 2001 e 2008. Naquela publicação, em 2002 , os empreiteiros que prestavam serviços a Bancoop teriam de emitir notas frias como favorecimento a Bancoop e assim os diretores das empreiteiras descontavam os cheques, recebidos como propinas pelos serviços inexistentes , e repassavam os valores ao técnico em edificações Hélio Malheiro . Hélio Malheiro depositava o dinheiro em uma agência de um grande banco . Na época , Luiz Malheiro , presidente da entidade , mandava sacar o dinheiro . Luiz entregava o dinheiro a João Vaccari Neto , que era sindicalista naquele período. O dinheiro desviado seria usado para fomentar o caixa dois da campanha de Luiz Inácio Lula da Silva durante as eleições de 2002. Num depoimento junto ao Ministério Público , Ricardo Luiz do Carmo, engenheiro responsável pelas obras da Bancoop , afirmou que foi até a sede ds cooperativa e de lá mesmo recebeu instruções para recolher dinheiro com as empreiteiras que faziam serviços para a Bancoop num favorecimento de campanha das eleições de 2002.
