A monarquia mantinha laços estreitos com a Igreja , de maneira a garantir que os sermões confirmassem o direito divino dos reis. De seus púlpitos no interior do território nacional, a Igreja controlava uma população analfabeta , dizendo-lhe aquilo que seus líderes achavam que deviam saber em questões de fé e de desobediência à autoridade civil. A Reforma Protestante ameaçava seriamente a hegemonia católica e consequentemente a centralização política que esta favorecia . A lógica dominante na França , "um rei , uma fé e um código de leis" , passou a ser desafiada por elites locais , que viam na dissidência religiosa um meio de expor seu descontentamento com o Estado. Francisco I (1515-1547) , temendo que a monarquia perdesse o caráter divino e, com isso, também a autoridade política , além do controle sobre o clero , declarou o protestantismo ilegal e punível com multa , prisão e até mesmo execução. Foi quando Calvino procurou refúgio em Genebra. Nas décadas que se seguiram , os clandestinos huguenotes , nome dado aos calvinistas franceses , foram se multiplicando gradativamente. O calvinismo tornou-se um meio para criticar a Igreja católica e o poder crescente dos monarcas. Num França em que uma monarquia e Igreja apoiavam-se e justificavam-se mutuamente, o questionamento dos protestantes à autoridade da Igreja católica era interpretado como uma afronta à autoridade real. Assim , entre 1562 e 1598 , a França viveu guerras religiosas que custaram à monarquia a perda do controle de diversas áreas do reino. O confronto entre exércitos huguenotes e forças católicas acabou devastando o país. Nas cidades controladas pelos huguenotes afirmava-se o direito ao culto público , à maneira protestante , afrontando o poder do Estado. Em 1579, teóricos publicaram o Vindiciae contra Turannos , uma justificativa moral baseada na fé e nas escrituras , à rebelião contra um rei justo e até mesmo à sua execução. Desejosa de afirmar o poder monárquico , a rainha Catarina de Médici ordenou , em 1572, a execução de milhares de protestantes pelos soldados reais em Paris , no massacre que foi denominado de Noite de São Bartolomeu. O massacre se alastrou por todo o país. Soldados e homens comuns assassinavam protestantes , onde quer que fossem encontrados. O banho de sangue tornara-se o símbolo das guerras religiosas da Idade Moderna. Em 1589 ascendeu ao trono Henrique IV , um protestante . Percebendo que a população católica , majoritária no país, não aceitaria um rei protestante , tornou-se católico. Pelo Édito de Nantes (1598), porém , concedeu aos protestantes tolerância religiosa , sem que isso significasse para eles participação expressiva em seu governo. Seus sucessores procuraram enfraquecer os protestantes , destruindo suas liberdades religiosas.
