Manco Inca não se deu por vencido : conseguiu escapar de seu palácio-prisão , assumiu o comando de 40 mil incas e abriu uma luta encarniçada para expulsar os espanhóis da cidade de Cuzco . Da nova capital , Pizarro enviou várias expedições para combater os rebeldes , mas enviou várias expedições para combater os rebeldes , mas foram todas derrotadas. No sul do Peru , a resistência inca continuou viva por muitos anos . Os incas refugiaram-se no bosque de Vilcabama , protegidos pela muralha de neve da Cordilheira dos Andes , e continuaram atacando de surpresa os espanhóis. As lutas contra os incas prolongaram-se até 1572 , quando os espanhóis , fortalecidos por reforços chegados da Espanha , aprisionaram e decapitaram o jovem Tupac Amaru , o último líder da resistência inca. Naqueles quase 40 anos de guerra morreram cerca de 300 mil guerreiros indígenas e 1500 soldados espanhóis.
