As cianobactérias vivem geralmente aglomeradas em colônias , em águas paradas , rasas , com poluentes orgânicos e junto aos sedimentos do fundo. Quando morrem , elas podem liberar na água várias toxinas. A mais conhecida é a microcistina , liberada pela espécie Microcystis aeruginosa. A ingestão de água contaminada pode provocar vômitos , dores de cabeça , dores abdominais e até a morte por lesão hepática e do sistema nervoso . Em geral , esse tipo de acidente não é frequente , pois uma grande concentração dessas toxinas na água a deixa com odor forte e desagradável e , por isso , ela é rejeitada para o consumo. Devido à eliminação de detergentes , fertilizantes e outros poluentes nas águas , estas se tornam ricas em nutrientes para as cianobactérias. A exagerada reprodução delas , chamada floração, torna as águas impróprias para o abastecimento público , problema que vem se agravando no Brasil.
