A transição para a mentalidade científica moderna não foi um processo súbito e sem resistências . Forças ligadas ao passado medieval lutaram duramente contra as transformações que se desenvolveriam , punindo , por exemplo , muitos pensadores da época e organizando listas de livros proibidos (o Index). Foi nesse contexto que vários pioneiros da ciência moderna sofreram perseguição da Inquisição, tribunal instituído pela Igreja Católica com o fim de descobrir e julgar os responsáveis pela propagação de heresias , isto é , concepções contrárias aos dogmas dos católicos.
¤ Inquisição : Criada em 1232 pelo Papa Gregório IX. Sua ação estendeu-se por vários reinos cristãos , como Itália , França , Alemanha , Portugal e , especialmente , Espanha. Com o decorrer do tempo , reduziu suas atividades , que somente foram reativadas em meados do século XVI , diante do avanço do protestantismo. Exemplo marcante dessas perseguições é o julgamento do pensador italiano Giordano Bruno (1548-1600) , condenado à morte na fogueira por contestar o pensamento católico , que se apoiava na ideia de que o planeta Terra era o centro imóvel do universo. Essa noção geocêntrica estava fundamentada as astronomia do grego Ptolomeu , na física de Aristóteles e em certas interpretações da Bíblia. Contra essa concepção , Giordano Bruno defendeu a teoria heliocêntrica , formulada por Nicolau Copérnico , e afirmou que o universo é um todo infinito , cujo centro não está em parte alguma. As perseguições que sofreu por isso são denunciadas nestas palavras : "Por ser eu delineador do campo da natureza , por estar preocupado com o alimento da alma , interessado pela cultura do espírito e dedicado à atividade do intelecto , eis que os visados me ameaçam , os observados me assaltam , os atingidos me mordem , os desmascarados me devoram." -(Bruno, Sobre o Infinito , o Universo E Os Mundos , p.3).
A formulação de Copérnico de que é o Sol , e não a Terra , o centro do universo atingia a concepção medieval crista de que o ser humano é o ser supremo da criação e que , por isso , seu habitat , a Terra , deveria ter o privilégio de ser o centro em relação aos outros astros. Compreende-se assim o mal-estar causado pela tese copernicana. Outro aspecto que incomodou as autoridades católicas foi que a natureza e o universo passaram a ser conhecidos a partir de um novo paradigma, baseado tanto na observação direta como na representação matemática. Essa mudança de atitude e seus resultados foram entendidos como uma ameaça aos dogmas da Igreja , e poderiam afastar as pessoas da fé cristã.
