A reprodução das cianofícias não coloniais é assexuada, por divisão binária , semelhante à das bactérias . As formas filamentosas podem reproduzir-se assexuadamente por fragmentação ou hormogonia : quebram-se em alguns pontos. dando origem a vários fragmentos pequenos chamados hormogônios , que , por divisão de suas células , darão origem a novas colônias filamentosas. Algumas formas coloniais filamentosas produzem esporos resistentes , denominados acinetos , que podem destacar-se e originar novos filamentos. Além de acinetos , algumas espécies possuem uma célula especial denominada heterocisto , cuja função ainda não está esclarecida , mas há indícios de que sejam células fixadoras de nitrogênio e de que auxiliem na sobrevivência dos organismos sob condições desfavoráveis.
