O ser humano , por sua vez , seria composto de corpo e alma , "res extensa" e "res cogitan"s . Nosso corpo, como todos os corpos , estaria submetido às leis mecânicas naturais , de causa e efeito , predeterminadas. Nossa alma teria as faculdades do entendimento e da vontade , o que nos conferiria a capacidade de iniciativa própria e de liberdade. A alma , desse modo , teria a propriedade de interagir com o corpo e comandá-lo. Essa concepção trouxe dificuldades para Descartes , já que , segundo sua própria concepção , essas duas substâncias seriam radicalmente distintas e separadas . Surgiu, assim, a seguinte questão: como se relacionaria a mente com o corpo , tendo em vista que , de acordo com a teoria cartesiana , um corpo só poderia ser movido por outro corpo contíguo no espaço , mas a alma não é um corpo , uma substância extensa? Descartes supôs que a alma estivesse sediada em uma pequena glândula localizada no meio do cérebro e que , por meio dela , se comunicaria com o corpo . Mas como se relacionaria a alma com essa glândula? Desse modo , a concepção dualista do ser humano - e o que dela resulta : a questão sobre a relação entre o corpo e a alma - tornou-se um problema filosófico clássico (para não dizer , também , científico), discutido por seus contemporâneos e herdado pela posteridade. A tendência seria a volta ao monismo ontológico , seja materialista , seja idealista ou espiritualista. Descartes entendia que a matéria era algo conhecível apenas a partir do que se sabia da mente. Desse modo , apesar do dualismo ontológico que defendeu , ele mostrou uma tendência idealista em termos epistemológicos , priorizando o papel do sujeito que conhece (o mundo interno à mente) em relação ao objeto conhecido (o mundo externo à mente).
