Mesmo antes da grave crise em Ruanda , hutus e tutsis combatiam-se em uma violenta guerra civil no Burundi. Nesse país , onde a distribuição étnica se assemelha à de Ruanda , os tútsis , cansados de serem governados pelos hutus, deflagraram um golpe de Estado em 1993 , quando o primeiro-ministro hutu eleito foi assassinado. A população do país reagiu frontalmente ao golfo , iniciando uma série de conflitos com o Exército comandado pelo tútsis. Em vez de o exército e os rebeldes enfrentarem-se diretamente , os dois lados preferiram assassinar à população civil. Como resposta à crise em Ruanda , o conflito étnico intensificou-se no Burundi. O Exército tentou expulsar do país milhares de refugiados hutus de volta para Ruanda . Sua justificativa era de que os ruandeses hutus estavam apoiando os guerrilheiros hutus burundineses que combatiam o Exército do país. Em meados de 1995 , outro presidente hutu do Burundi foi deposto do cargo , tendo assumido um líder tútsi. Ele anunciou a instauração de um governo de "transição" , dizendo-se disposto a reinstaurar a democracia no país. Houve repatriação de alguns refugiados hutus. Enquanto o conflito não se resolve, os hutus reforçaram sua campanhas guerrilheira no país , mas milhares já deixaram o Burundi. Os hutus ruandeses e burundineses passaram a se concentrar principalmente na República Democrática do Congo.
