A partir de 1998 , os conflitos passam a se desenrolar na região de Kosovo , habitada predominantemente por população de origem albanesa (90% dos dois milhões de habitantes) e que , desde 1989, tinha perdido parte da autonomia em relação ao poder central iugoslavo , como o direito ao ensino em língua albanesa e a uma polícia própria. Para fazer frente ao crescimento do movimento separatista armado , liderado pelo ELK (Exército de Libertação de Kosovo ), o então presidente da Iugoslávia , Slobodan Milosevic , contra-atacou com violência a região de Kosovo . Alegando combater os separatistas e defender a integridade do país, promoveu um massacre à população civil. Em 1999, a OTAN negociou com a Iugoslávia o fim do conflito e a volta da autonomia de Kosovo . Diante da recusa iugoslava , as tropas da OTAN lançaram um intenso ataque ao país. A guerra de Kosovo terminou após 78 dias de bombardeios liderados pelos Estados Unidos. Essa ação , classificada pelo governo norte-americano de "defesa humanitária" , não foi decidida no âmbito do Conselho de Segurança da ONU, constituindo , portanto, um desrespeito às normas internacionais. Num sinal claro de que a solução para os problemas étnicos era bastante complexa , o Parlamento da Iugoslávia , com o acompanhamento da União Européia , aprovou , em fevereiro de 2003, a Constituição do Novo Estado da Sérvia e Montenegro. Esse novo Estado, a diplomacia e a segurança são conjuntas , mas tanto Sérvia como Montenegro têm grande autonomia, a ponto de cada uma ter o seu Banco Central. Sob pressão de Montenegro, que queria a independência total, acertou-se a realização de um referendo, em 2006, para decidir se as repúblicas continuariam unidas.
