Pombal voltou-se contra a Companhia de Jesus, cuja influência no ensino , na sociedade e na política da sociedade portuguesa era imensa na segunda metade do século XVIII. Na América, os Jesuítas controlavam vastas áreas e as atividades econômicas de milhares de índios em suas missões religiosas. Se, de um lado, eles eram importantes para Impedir o massacre dos ameríndios, de outro, impediam a plena integração destes na economia colonial. Além disso, após o Tratado de Madri, em 1750, a região dos Sete Povos das Missões passara a pertencer aos domínios lusitanos. Nos anos seguintes , tropas portuguesas e espanholas enfrentaram os indígenas , que foram auxiliados por jesuítas descontentes com os termos do tratado. Os jesuítas foram então acusados de terem interesses particulares na América, contrários aos da Coroa portuguesa. Ainda em 1757 , Pombal decretou o fim da escravidão dos índios no Maranhão e no Grão-Pará, estendendo a medida para o Estado do Brasil no ano seguinte. A administração das aldeias passou às autoridades civis. Em 1759, por alvará régio, a Companhia de Jesus foi extinta em Portugal , teve seus bens confiscados e seus membros expulsos de todos os domínios lusitanos. O império português deixou, assim, apenas de ser justificado por suas atribuições divinas. Não era mais o império de Deus pelos portugueses. Apesar de todas as iniciativas, a modernização pombalina não foi capaz de alterar profundamente a sorte de seu império. Além das dificuldades internas, o sistema econômico mundial apresentava mudanças consideráveis na segunda metade do século XVIII. A longa transição do feudalismo para o capitalismo estava se encerrando em algumas partes da Europa, sobretudo na Inglaterra, onde a sociedade industrial já começava a despontar. Por isso, mesmo tentando diminuir a participação dos britânicos no império luso, as ações de Pombal não tinham como deter o avanço do Estado que possuía a economia mais dinâmica da época , liderada por um poderoso setor têxtil, capaz de lhe assegurar a hegemonia internacional por mais de 100 anos. Em Portugal , o poder pombalino não resistiu à morte do rei D. José I, em 1777. Com o reinado de D. Maria I, conhecia anos mais tarde como Maria , a louca, setores conservadores promoveram a viradeira, movimento político que destituiu o primeiro-ministro e alterou várias de suas medidas politico-econômicas.
