A reprodução das bactérias se faz por bipartição simples (cissiparidade) ; a partir de uma única célula originam-se em poucas horas milhares de indivíduos geneticamente iguais, os clones. Em algumas espécies ocorrem processos sexuais , como por exemplo a conjugação, em que duas células se unem por uma fina ponte citoplasmática , podendo assim trocar DNA , o que resulta em maior variabilidade genética na descendência. Nas cianobactérias filamentosas , a reprodução pode se dar pela formação de hormogôneas, pequenos segmentos que se separam , originando novos filamentos , ou ainda pela formação de muitos esporos que, ao se destacarem , germinam , dando origem a novos filamentos. No gênero Anabaena , o filamento mostra um esporo e uma grande célula oval, chamada heterocisto , que armazena enzimas responsáveis pelas reações de fixação do nitrogênio. Certas bactérias são capazes de produzir esporos , células resistentes que podem suportar altas temperaturas e desidratação do meio em que se encontram . Essas bactérias podem concentrar rapidamente boa parte do protoplasma num dos pólos ou no meio da célula , formando ao redor dele uma grossa e impermeável parede celular , originando-se assim um esporo esférico ou oval. Destruída a bactéria que o produziu , o esporo permanece em dormência , sem manifestações vitais . Só condições ambientais normais , ele rompe a grossa parede e cresce , transformando-se num nova bactéria , ativa. Alguns esporos suportam horas de fervura , dessecação , ação de desinfetantes e até radiações , podendo ainda permanecer no solo, intatos , durante anos. São esses esporos que contaminam ferimentos profundos na pele e aí, em condições anaeróbias , originam as formas bacterianas vegetativas , com alta taxa de reprodução e causadores de graves doenças , caso do tétano.
