As profundas crises dos primeiros anos da República só seriam superadas com o afastamento definitivo dos militares e a instauração de "sistema" estável para marcar os limites e as regras do jogo do poder. O governo de Prudente de Morais (1894-1898) caracterizou-se pela tentativa de apaziguamento entre os diversos setores oligárquicos e lideranças militares. Em agosto de 1895 , os líderes da Revolta Federalista depuseram as armas e declararam sua rendição. O presidente sucessor, o também paulista Campos Sales (1898-1902), com um novo arranjo político, conhecido como Política dos Governadores, ofereceu a estabilidade necessária às oligarquias regionais. Como ficara evidenciado nos governos dos marechais , a origem das crises residia no confronto entre setores dos grupos dominantes estaduais que disputavam o apoio presidencial para tomarem o governo ou manterem-se nele . Com as costumeiras intervenções federais, abria-se a oposição entre o poder central e os poderes estaduais , e entre o Congresso Nacional e a presidência da República. Era necessário encontrar um meio de neutralizar as oposições sem eliminar o sistema representativo , ou seja, de representantes dos cidadãos escolhidos por meio de eleições. Tarefa difícil , uma vez que as eleições eram marcadas por fraudes, violências e arbitrariedades cometidas pelos diversos grupos oligárquicos em conflito. Por meio da Política dos Governadores, Campos Sales apoiava os grupos dominantes nos estados da União, que , em troca, orientariam seus deputados e senadores a apoiarem as decisões do Executivo em âmbito Federal. O apoio do governo federal traduzia-se em verbas e outros benefícios permanente sobre a máquina administrativa. Assim, as disputas políticas , já neutralizadas , tendiam a se restringir aos estados e não ameaçariam a estabilidade do governo federal. Com a ausência de partidos nacionais, as relações políticas estabeleciam-se entre as bancadas dos partidos estaduais (Partido Republicano Paulista, Partido Republicano Mineiro, Partido Republicano Rio Grandense, etc. ) e a presidência da República.
