Um dos problemas enfrentados pelas capitanias foi o isolamento em que se encontravam , tanto entre si, quanto em relação à administração central , em Lisboa. Tal isolamento tornava-se cada vez mais prejudicial aos donatários , pois dificultava a defesa das capitanias contra o ataque dos indígenas que lutavam para defender seus territórios e impedir a escravidão que os portugueses lhes queriam impor. Foi este um dos fatores que levaram o rei de Portugal a nomear um governador geral para Brasil, em 1548 , com a finalidade de centralizar a defesa do território e a administração geral da colônia. Para sede do Governo Geral foi escolhida a capitania da Bahia de Todos os Santos , que , para isso , foi comprada dos herdeiros do donatário , que havia morrido. O primeiro governador geral - Tomé d Souza - , com o qual vieram os primeiros jesuítas , fundou Salvador , a primeira cidade brasileira , onde instalou seu governo em 1549. Em 1572, após a morte do terceiro governador geral , Mem de Sá , o rei de Portugal resolveu estabelecer dois governos no Brasil, com o intuito de facilitar a administração. - Um no Norte , com sede em Salvador; Outro no sul , com sede no Rio de Janeiro. Com essa divisão não trouxe os resultados esperados, o governo foi novamente unificado , em 1578 , e sua única voltou a ser Salvador. Com o surgimento das primeiras vilas e cidades , também foi sendo organizada a administração municipal . Esta, da mesma forma que em Portugal , era dirigida pelas Câmaras Municipais , existentes nos municípios mais escolhidos pelos chamados "homens bons" do lugar que eram quase sempre proprietários rurais. Entre os "homens bons" não se incluíam "os operários, mecânicos, os degredados , os judeus e os estrangeiros". As Câmaras Municipais eram presididas por um juiz ordinário, também escolhido pelos "homens bons" do município. Da mesma forma que as autoridades das capitanias , as autoridades municipais não se submetiam facilmente ao governo geral , sendo forte a tendência autonomista. Houve até algumas câmaras que tiveram representantes em Lisboa , junto à Corte da Metrópole.
