Após Aristóteles, a Grécia passou por um agitado período político e, gradualmente , a cidade egípcia de Alexandria assumiu a liderança científica da época . Lá , encontram-se frente a frente a filosofia grega , a tecnologia egípcia e as místicas religiões orientais. Disso tudo nasceu a Alquimia, uma mistura de ciência , arte e magia, que floresceu durante a Idade Média , tendo uma dupla preocupação : a busca do "elixir da longa vida" que garantia a imortalidade e a cura das doenças do corpo , e a descoberta de um método para a transformação de metais comuns em ouro (transmutação) , que ocorreria na presença de um agente conhecido como " pedra filosofal" . A procura pelo ouro não era motivada por razões econômicas , mas porque ele, devido à resistência à corrosão, representava a perfeição divina. Contudo, muitos realizaram encenações simulando sua transmutação para enriquecer à custa da boa fé de alguns adeptos da Alquimia. Na China, as especulações dos alquimistas conduziram ao domínio de muitas técnicas de metalurgia e à descoberta da pólvora. Os chineses foram os inventores dos fogos de artifício e os primeiros a usarem a pólvora em combates no século X. Nenhum dos dois objetos da Alquimia foi atingido. Contudo, muitos progressos no conhecimento das substâncias provenientes de minerais e vegetais foram obtidos no Ocidente e no Oriente. Prepara-se substâncias como, por exemplo, ácido nítrico (chamado na época de aquafortis) e ácido sulfúrico (oleum vitriolum). Materiais de laboratório foram sendo gradualmente aperfeiçoados. No século XVI, o suíço Theophrastus Bombastus propôs que a Alquimia deveria preocupar-se principalmente com o aspecto médico de suas investigações. (Isso ficou conhecido como Iatroquímica.) Segundo ele, os processos vitais podiam ser interpretados e modificados com o uso de substâncias químicas . Sua contribuição no diagnóstico e no tratamento de algumas doenças foi digna de nota.
